令和2年9月1日 出入国在留管理庁のサイトにて影響に伴う取扱いが示されています。http://www.moj.go.jp/content/001319321.pdf
在留資格認定証明書の有効期限は、入国制限措置が解除された日から6か月又は2021年4月30日までのいずれか早い日までとされており、入国制限措置が解除された日のチェックが必要です。
査証(ビザ)発給申請時、受け入れ機関から「引き続き、在留資格認定証明書交付申請時の活動内容どおりの受入れが可能である」ことを記載した文書の提出で確認されるそうです。
現在、クライアント様で認定証明書が交付されて入国を待っている方が複数いらっしゃいます。皆さんや日本側の代理人からの問い合わせに応じているところです。