定款に記載している事項を変更するには、株主総会を開催し、変更内容の決議を行う必要があります。なので、定款を変更するときは、株主総会議事録を作成し、原始定款と一緒に保管していただいていると思います。
指定や許可申請には、原始定款と議事録を提出するよりも、変更事項を反映した最新の定款を作成すると同時に、他に変更事項がないかどうか提案させていただく場合もあります。
有限会社の場合は、設立したときは、1口が1株、営業年度が事業年度に現行法では変わっていますので、お伝えして現行の会社法に沿った定款を提案します。